Une archéologie du régard médical” (1963), „Les Mots et les choses. Une archéologie des sciences humaines”(1966), „L'Archéologie du savoir” (1969), „Raymond Roussel” (1962), „Hommage à Georges Bataille” (1963), „Language to Infinity” (1963), „La pensée du dehors” (1966), „L'Ordre du Discours (1971)”, „Surveiller et punir. Naissance de la prison” (1975), „La Volonté de savoir. Vol. I of Histoire de la sexualité” (1976), „L'Usage des plaisirs. Vol. II of Histoire de la sexualité” (1984), „Le Souci de soi. Vol. III of Histoire de la sexualité” (1984)], activitatea universitară și civică, dezbaterile mediatice l-au impus ca un clasic al noii gândiri franceze – canonizare paradoxală de altfel, dat fiind că ideile lui Foucault erau polemice,controversate și pe alocuri chiar subversive.
Influențat de Nietzsche și Heidegger, Marx și Freud, a explorat schemele schimbătoare ale puterii în societate susținând că timpul și istoria modifică adevărurile de bază ale omenirii. Opera sa încearcă replasarea evenimentelor în inedite perspective cu susținerea unei documentații erudite, a unui talent descriptiv de excepție și a unor interpretări originale. Reunește într-o formă literară cu reale valențe artistice idei și ipoteze istorice, repunând în discuție viziunea tradițională asupra Istoriei prin reperarea elementelor de ruptură ce permit sau obligă trecerea de la o eră la alta.
Conceptul primordial al studiilor sale istorice este "arheologia cunoașterii", susținând că actuala civilizație este rezultatul sumării unor epoci succesive diferite nu doar prin oameni și evenimente ci mai ales prin stilul de gândire, prin epistemă.
Pentru cititorul inocent titlurile și subtitlurile din bibliografia lui Foucault sunt veritabile curse. „Histoire de la folie” nu e o istorie a nebuniei, cu toate că utilizează un volum uimitor de informație istorică și numeroase documente inedite, fiindcă pentru autor nebunia nu e o stare cu o istorie naturală coerentă, ci un proces, o funcție. De asemenea „Surveiller et punir. Naissance de la prison” nu este o istorie a apariției închisorii cum pare a indica subtitlul, ci o carte despre putere. Foucault ne propune o imagine puțin indulgentă a puterii, aceasta nu este pur și simplu negativă, deși feroce, detestabilă și represivă; puterea este o producție continuă alimentată de nevoile umane.
Dificultatea de a sesiza obiectul scrierilor lui Foucault se datoreză faptului că autorul nu crede în constante antropologice, într-o teorie generală a istoriei și mai ales discursului său complex, idiosincratic și autarhic, discurs accesibil deseori doar unor inițiați. Lectura operei lui Foucault evidențiază o ironie subtilă, o dispoziție ludică, aparent instabilă și frecvent sceptică. În numeroase pasaje din cărțile sale și mai ales în interviuri și articole, autorul a oferit frânturi de autoimagine, admițând apropieri de istoricii științei și de curentul antipsihiatric al anilor '50.
Implicat în problemele sociale, va fi printre promotorii mișcării contestatare generalizate ce zguduie Franța în 1968. După minuțioase investigații în spitale, ospicii și închisori, repune în discuție aplicarea drepturilor omului în diferite instituții carcereale. Participă activ la lupta pentru înlăturarea acestor structuri ce încarnează într-o formă concentrată strategiile de supraveghere socială și de dominare ce regizează societatea.
Se implica tot mai mult în problematica statului modern și a deținerii puterii formând opinia că un număr limitat de conducători, de inițiați în tainele guvernării universale au învățat să alinieze întru propriile lor obiective toate disciplinele cunoașterii contribuind la aservirea și colonizarea individului.
La jumătatea anilor '70, Foucault se interesează în special de istoria sexualității anunțând un ciclu de cinci lucrări care nu va apărea niciodată complet și care ar fi trebuit să trateze sexualitatea în epoca modernă. Va publica totuși în anii '80 două volume: „L'Usage des plaisirs” și „Le Souci de soi” privind problematizarea sexualității de către anticii din Grecia și Roma. Își admite homosexualitatea fără a dori să fie considerat un gânditor gay, implicându-se totuși în lupta Gai-Pied în ultimii ani ai vieții. Afirmă existența iubirii în cuplurile de homosexuali și lesbiene influențând apariția unui program de "construcție socială" care va impune o nouă abordare, considerând că ființele umane și sexualitatea lor sunt produse ale spiritului și timpului în care trăiesc. Repune în discuție modelul opresiunii, susținând că apariția minorităților sexuale e urmarea presiunilor sociale negative. Înlătură ideea unei homosexualități transistorice – un fel de model stabil care ar impune o tipologie socială în afara timpului.
Moare în iunie 1984, o nouă victimă SIDA, nu înainte de a declara într-un ultim interviu: "Căutarea unei forme de morală care să fie acceptată de toți (...) mi se pare o catastrofă".