Răpus de o boală necruțătoare la 54 de ani, Șerban Cantacuzino este înmormântat, conform dorinței lui, în naosul bisericii de la Cotroceni.
Opera politică și culturală a ctitorului Șerban Cantacuzino a fost continuată de Constantin Brâncoveanu(1688- 1714). În cei aproape 30 de ani de domnie, Brâncoveanu și- a căutat liniștea între zidurile palatului de la Cotroceni. Cronicile de epocă menționează faptul că domnitorul "pleca de la Cotroceni" sau "venea la Cotroceni" foarte des, îngrijind ctitoria cantacuzină, făcând donații mănăstirii, ale cărei proprietăți le- a întărit prin semnătură la 1700.
Sfârșitul dramatic al domnitorului și al familiei sale a marcat încheierea unei epoci distincte în istoria românească. După dispariția sa, tronul Þării Românești a revenit pentru scurt timp(1714- 1716) și pentru ultima dată unui membru al familiei Cantacuzino, Ștefan vodă, unul dintre fiii stolnicului Constantin Cantacuzino și nepot al ctitorului de la Cotroceni. Cantacuzin prin naștere, el n- a ocolit reședința domnească de la Cotroceni și n- a uitat să dăruiască mănăstirii câteva moșii pentru pomenirea sa și a familiei sale. Ucis de turci în urma uneltirilor rivale, în 1716, Ștefan vodă își înscrie numele în galeria domnitorilor care au locuit la Cotroceni, loc unde s- au făurit visuri de libertate pentru țară, s- au conceput legi, s- au redactat hrisoave cuprinzând istoria domniilor lor.
Srălucirea Cantacuzinilor a trecut în secolul al XVIII- lea asupra ctitoriei lor de la Cotroceni, unde casele domnești și mănăstirea și- au împletit deseori destinele în cele mai neașteptate împrejurări. Platoul Cotrocenilor- proprietate a mănăstirii- a fost folosit frecvent pentru cantonamentul trupelor- autohtone și străine- dată fiind poziția strategică. În iulie 1737, aici cantonează trupele austriece conduse de generalul Ghilany; în 1739, trupele turcești conduse de generalul Suleyman Pașa; în 1800- 1802, trupe turcești și rusești; îm 1806, trupe rusești conduse de generalul Miloradovici.
Pentru istoria mănăstirii Cotroceni, prețioase au rămas până astăzi câteva condici în manuscris redactate între 1800 și 1810, remarcabilă prin numărul informațiilor și valoare fiind "Condica Sfintei dumnezeiești mănăstiri Cotroceni" scrisă de Dionisie Eclesiarhul. Începând cu deceniul al treilea al secolului al XIX- lea, documentele confirmă o administrare tot mai deficitară a mănăstirii, a metocurilor sale, abuzuri în utilizarea finanțelor. Reparațiile clădirilor de la Cotroceni sunt puține până în 1862, când Alexandru Ioan Cuza hotărăște să le utilizeze ca reședință de vară. Casele domnești și mănăstirea vor fi însă martore ale marilor momente politice din istoria modernă a țării.


va urma